Visualiser vos bam avec IGV
Lancer IGV
Charger un genome (fichier fasta)
Charger une annotation (fichier gtf ou gff)
Noté que l'on peux faire une recherche par mot clé ou par coordonnées.
Charger les alignement (fichier bam, avec un fichier bai à côté)
En général la vue est trop large pour voir les alignements il faut zoomer pour les voir.
Pour naviguer comprendre la navigation dans l'interface vous pouvez visualiser la vidéo suivante:
- pour les données de séquence : https://www.youtube.com/watch?v=E_G8z_2gTYM
- pour les données de RNAseq : https://www.youtube.com/watch?v=awGN-rpLYas
- plus généraliste base de IGV : https://www.youtube.com/watch?v=YpNg0hNUuo8